רוב גורמי הזיהום במפרץ אילת נוצרים בחלקו הצפוני. שתי ערים היושבות באזור זה תורמות לכך: אילת בצד הישראלי ועקבה בצד הירדני.

עברו על החלקים השונים בתמונה וגלו את מקורות הזיהום של מפרץ אילת.

• דלק ושמנים למיניהם – אלה מגיעים אל המפרץ מכמה מקורות: התנועה הערה של כלי השיט (יאכטות, מכליות נפט, ספינות מטען גדולות ועוד) והפעילות בנמלים, במסופי הדלק (הירדניים והישראליים) ובמעגנות (מרינות).
  דלק שדלף אל מי הים יכול להתפשט ותוך דקות אחדות להרוס חלקים בשונית האלמוגים, שתהליך צמיחתה נמשך מיליוני שנים.
  
  
• שפכים עירוניים – לעיר אילת ולעיר עקבה, היושבות על חופו הצפוני של המפרץ אילת, יש מתקנים לטיהור שפכים. אבל כשיש תקלות, שפכים לא מטוהרים זורמים אל מי המפרץ.
  
  
• אבק פוספטים – הַטְעָנַת פוספטים על האניות בנמל אילת ובנמל עקבה יוצרת ענני אבק השוקעים במי המפרץ, ומעכירים ומזהמים אותם. לאחרונה נבנה מתקן הטענה משוכלל, המצמצם במידה רבה את כמות האבק הנפלט.
  
  
• החקלאות הימית – גידול דגי ים בכלובים תת ימיים במפרץ אילת עמד במשך שנים רבות במרכזו של מאבק ציבורי נרחב. מחקרים מדעיים שונים הוכיחו כי הפרשות הדגים, שאריות המזון וחומרים אחרים של החקלאות הימית פוגעים באיכות של מי הים במפרץ ובשוניות האלמוגים. כנגד אותם מחקרים, טענו מגדלי הדגים שגורמים אחרים הם האחראיים לזיהום ולפגיעה בשונית האלמוגים. בסופו של דבר, הוויכוח הסתיים וכלובי הדגים הוצאו ממפרץ אילת.