מקור המים החשוב ביותר בישראל הוא המאגרים של מי-התהום. מאגרים אלה נמצאים באזור ההר ולאורך מישור החוף. את מי התהום האלה שואבים מבארות או ממעיינות. מאגרי מי התהום של ישראל מתרכזים בכמה אקוויפרים: אקוויפר ההר (אקוות ההר) ואקוויפר החוף (אקוות החוף). נוסף על אלה ישנו גם אקוויפר הגליל המערבי - קישון, ואקוויפרים נוספים האוגרים ומספקים מים בכמויות קטנות יותר ומשתרעים באזור הגליל המזרחי, הגולן, הכרמל, חבל מנשה, הנגב הדרומי והערבה.
אקוויפרים אלו משמשים לעיתים מקור מים בלעדי ליישובי האזור (כגון בערבה), בגלל שאזורים אלה אינם מחוברים למפעל הארצי המחבר את מקורות המים העיקריים של ישראל.